C_beta = Atom('CH2')
C_delta = Atom('CH2')
C_gamma = Atom('CH2')
C_zeta = Atom('C')
H_epsilon = Atom('H')
H_eta_1_1 = Atom('H')
H_eta_1_2 = Atom('H')
H_eta_2_1 = Atom('H')
H_eta_2_2 = Atom('H')
N_epsilon = Atom('N')
N_eta_1 = Atom('N')
N_eta_2 = Atom('N')

bonds = [Bond(C_gamma, C_beta), Bond(C_delta, C_gamma), Bond(N_epsilon, C_delta), Bond(H_epsilon, N_epsilon), Bond(C_zeta, N_epsilon), Bond(N_eta_1, C_zeta), Bond(H_eta_1_1, N_eta_1), Bond(H_eta_1_2, N_eta_1), Bond(N_eta_2, C_zeta), Bond(H_eta_2_1, N_eta_2), Bond(H_eta_2_2, N_eta_2), ]

amber91_atom_type = {H_epsilon: 'H3', H_eta_2_2: 'H3', H_eta_1_1: 'H3', H_eta_2_1: 'H3', C_delta: 'C2', C_zeta: 'CA', N_eta_1: 'N2', H_eta_1_2: 'H3', N_eta_2: 'N2', C_beta: 'C2', C_gamma: 'C2', N_epsilon: 'N2', }

opls_atom_type = {H_epsilon: 'H3', H_eta_2_2: 'H3', H_eta_1_1: 'H3', H_eta_2_1: 'H3', C_delta: 'C2', C_zeta: 'C4', N_eta_1: 'N2', H_eta_1_2: 'H3', N_eta_2: 'N2', C_beta: 'C2', C_gamma: 'C2', N_epsilon: 'N2', }

opls_charge = {H_epsilon: .44, H_eta_2_2: .46, H_eta_1_1: .46, H_eta_2_1: .46, C_delta: .31, C_zeta: .64, N_eta_1: -.8, H_eta_1_2: .46, N_eta_2: -.8, C_beta: 0.0, C_gamma: .07, N_epsilon: -.7, }

name = 'arg_sidechain'

pdbmap = [('ARG', {'HE': H_epsilon, '1HH1': H_eta_1_1, '1HH2': H_eta_2_1, 'NH2': N_eta_2, 'NH1': N_eta_1, 'CZ': C_zeta, 'CD': C_delta, 'NE': N_epsilon, 'CG': C_gamma, 'CB': C_beta, '2HH1': H_eta_1_2, '2HH2': H_eta_2_2, }, ), ]

pdb_alternative = {'HH11': '1HH1', '1HN1': '1HH1', 'HH12': '2HH1', '2HN1': '2HH1', 'HH21': '1HH2', '1HN2': '1HH2', 'HH22': '2HH2', '2HN2': '2HH2', 'HNE': 'HE', 'HN11': '1HN1', 'HN21': '1HN2', 'HN12': '2HN1', 'HN22': '2HN2'}
